生物系统工程与食品科学学院现设有生物系统工程和食品科学与营养等2个系和农业生物环境工程、生物机电工程、食品科学与发酵工程、农产品产后工程、水土工程与城乡建设、生物系统自动化与信息技术等6个研究所，另外还设有亚太临床营养学会营养与食品安全中心、浙江省农产品产后技术研究中心及食品科学技术研究中心。
学院拥有农业工程、食品科学与工程2个一级学科博士学位授予点及2个一级学科博士后流动站，拥有农业机械化工程，农业生物环境与能源工程，农业电气化与自动化，农业水土工程，生物系统工程，食品科学，农产品加工及贮藏工程，粮食油脂及蛋白质工程，水产品加工及贮藏工程，食品安全等10个博士学位授予点及包括机械设计及理论、发酵工程在内的12个硕士学位授予点。拥有食品科学、农业机械化工程等2个农业部重点学科和浙江省第五批重点学科、生态农业环境工程农业部重点开放实验室、农业生物环境与能源工程省重点扶植学科、生物系统工程校“‘985’创国家重点学科工程”建设学科。在2003年教育部全国一级学科评估中，我院农业工程学科位居第二，食品科学与工程位居第四。
学院现有教职工102人(含专任教师65人)，其中正高级17人(教授15人)，副高级38人(副教授31人)。教师中有入选国家“百千万人才工程”2人，教育部“高校青年教师奖”获得者1人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”者2人浙江省“新世纪151人才工程”重点资助人员1人，入选浙江省“151人才工程”第一层次2人、第二层次4人，浙江省中青年学科带头人2人，浙江省自然科学基金人才基金1人。另外，学院还聘请了16位国内外知名学者、专家担任客座教授或兼职教授。学院院长为中国工程院院士汪懋华教授。
学院十分重视国际交流工作，目前已经与美国、日本、德国、英国、荷兰、比利时、加拿大、澳大利亚等国家的近20所知名高等院校或科研机构建立了良好的合作关系，每年来学院进行讲学、合作研究及学术访问的外国专家在40人次以上，每年赴国外进行学术考察、访问、进修、合作研究或参加国际学术会议的教师在10余位以上。国际学术交流活动频繁，气氛十分活跃。
主要二级学科学位点介绍：
农业机械化工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程、农业水土工程
生物系统工程、机械设计及理论（共建）
食品科学、农产品加工与储藏工程、发酵工程、食品安全
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